食物從農場到餐桌要經過多個環節，每一個環節都有眾多的參與者。含有轉基因成份的農產品品種多，數量大，尤其是含有轉基因成份的食品，成份復雜，要分離基因作物和非基因作物困難重重，成本相當高。僅含少量比例的轉基因成份，或核酸或蛋白質等待檢測成份已被降解或破壞，都會加大檢測難度。而對轉基因成份的檢測，必須準確、快速、靈敏、可靠。

　　食品轉基因成份的檢測關鍵問題是，食品中含有油、鹽、糖和其他蛋白質，加工后的食品在DNA的抽提過程中，要保證其DNA的純度，不受污染和降解。

我國應用新的檢測方法，對部份進口農產品進行檢測，從中檢出轉基因成份。利用生物芯片技術原理，適合口岸大樣品量的檢測，解決了轉基因檢測中樣品核酸制備的難題，同時提高了樣品檢測自動化程度，提高了檢測靈敏度和穩定性，降低了檢測成本和時間。

在傳統的生物實驗室中用人工測定，速度較慢，測定十幾個DNA片斷的序列，約合4000個堿基對，至少需要一個工作日。用儀器檢測，即PE3700-DNA序列分析儀及同類儀器，一個工作日可測定近2000個DNA序列，約合70萬個堿基對。生物芯片的初級形式用于檢測生物樣品中基因表達譜的改變。有一種不成熟的生物芯片在15分種完成了1.6萬個堿基對的測定，96個這樣的生物芯片平行工作，就相當于每天1.47億個堿基對的分析能力。

目前對轉基因作物的檢測取得了進展。通過對轉基因成份所獨有的DNA序列來提示基因表達譜。一種新方法能精確測試出深加工的食品中是否含有微量轉基因大豆或玉米的成份以及配料中轉基因成份的具體比例。據研究人員對一塊面包進行的研究，發現其中含0.67%的豆粉成份，用新的方法進行進一步精確分析后，他們成功地發現這些微量豆粉中2%為轉基因成份。