菌種鑒定及分析
?菌種鑒定一般就只要提取基因組DNA,然后PCR擴增16srDNA片段,上GeneBank或者Eztaxon對比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認為是同種細菌(當然也有例外,DNA序列僅僅是一個參考指標)。通過菌種基因測序,分析菌種基因片段,判斷菌種種是否含有抗藥性基因等。
檢測項目
鑒定方法 | 涉及菌種 |
rDNA(核糖體DNA)序列分析 | 細菌、放線菌、酵母、霉菌 |
大型絲狀真菌 | |
功能基因分析 | 乳桿菌、雙歧桿菌、腸球菌 |
pheS,gyrB,gyrA,atpD等 | 芽孢桿菌 |
生理生化分析 | 細菌、放線菌、酵母 |
BioLog分析 | 細菌、酵母 |
API | 細菌、釀酒酵母 |
形態(tài)學分析 | 霉菌 |
1、2分別與3、4、5組合 | 細菌、放線菌、酵母、霉菌 |
大型絲狀真菌 | |
G+C?mol%含量測定 | 細菌、放線菌、酵母 |
脂肪酸組分分析 | 細菌、放線菌、酵母 |
DNA-DNA雜交 | 細菌、放線菌、酵母 |
*性脂 | 細菌、放線菌 |
呼吸醌 | 細菌、放線菌 |
電子顯微鏡 | 細菌、放線菌、酵母、霉菌 |
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