隨著工農業生產和城市建設的高速發展，城市生活用水、工業廢水、殘留的農藥化肥等被大量排放到農業灌溉用水中，導致水體污染，有害物質濃度超標，理化性質發生改變。受污染水源被直接或間接引入到農田中，導致土壤板結、鹽堿化，農作物嚴重減產甚至絕收，有害物質在農作物中大量累積，從而影響人類的身心健康。

農田的灌溉水主要是地表水、地下水、處理后的養殖業廢水及以農產品為原料加工的廢水。我國農業需水量大，但水資源不豐富，且污染越來越嚴重。各種污染物被作物吸收后，都會被生物富集且有生物放大效應，嚴重危害健康。

受到污染的水質中常含有大量酸、堿類物質。酸堿度不適當，可能造成作物生長缺乏養分，或吸收了有毒元素，造成生理危害，因此要求灌溉水的pH值允許范圍是5.5～8.5。

水中的重金屬經過長期灌溉，可造成土壤污染，被農作物吸收。比如毒性較大的汞，長期灌溉既污染土壤，又污染農產品。而降雨時，含鎘高的露天礦區、城市周邊堆放、填埋垃圾中的鎘會隨著雨水淋溶造成污染，很容易就被農作物吸收和富集。

此外，化學需氧量是指示水體被還原性物質污染的主要指標，而石油可造成水體缺氧，甚至抑制水體自凈過程。因此除了pH、總汞、總鎘、總砷、總鉛、六價鉻、氟化物和糞大腸菌群參數外，修訂還增加了化學需氧量、石油類兩項檢測指標。

不僅水田、旱地、菜地、園地和牧地等的灌溉用水要符合標準要求，水培蔬菜和水生植物的栽培用水也同樣要符合標準要求。

作為水產人應該時刻記住水產養殖中水質的好壞決定魚類能否健康生長的關鍵因素，水質的好壞直接影響到產量，因此水產養殖中水質的調節是關鍵環節，保持水內的生態平衡至關重要。調節水質就應該從了解水質開始。水生生物和陸地生物的生存環境具有較大的差異，如水體的溫度相對陸地變化較小，但相同體積內水體中的生物要比陸地生物豐富很多，并且水體中的某些物質繁殖速度快，呈現出一種爆發式的速度.

養殖水體的主要因素可分為四大部分，分別是物理因素、化學因素、生物因素及人為因素。物理因素包括光照、溫度、底質條件；化學因素包括溶解氧、pH值、鹽度、堿度、硬度、氮、磷、硫、微量元素；生物因素包括水生生物（藻類、浮游動物）、微生物；人為因素包括施肥、投餌、微生態制劑。