隨著市場競爭的日趨激烈，企業除了技術、管理、價格、服務等方面的競爭外，也非常重視質量方面的競爭。ＩＳＯ９００１與ＨＡＣＣＰ體系是目前食品企業質量管理的兩大重要管理體系。目前，人們在注重營養、衛生的同時，對食品安全性問題越來越重視，許多已建立或通過ＩＳＯ９００１質量管理體系的企業，也迫切希望通過建立ＨＡＣＣＰ體系，進一步提升自己的質量管理水平，為消費者提供營養、衛生、安全的食品，以滿足市場需求。因此，在食品生產企業中同時建立ＩＳＯ９００１體系與ＨＡＣＣＰ體系是社會的需要。
ＩＳＯ９００１質量管理體系是各類組織按照ＩＳＯ９０００族標準建立的質量管理和質量保證體系。ＨＡＣＣＰ體系是以ＨＡＣＣＰ的七個原則為基礎建立的食品安全體系。兩者都是以對質量進行管理為目的，但側重點不同。
ＩＳＯ９００１－２０００采用過程方法，以全面質量管理為主，只為組織的質量管理活動搭建框架。ＨＡＣＣＰ體系以預防控制，過程監測與糾偏為主，重點控制對人體產生危害的因素，而非所有影響產品質量的因素。如：食品中有可能沾有頭發，這個因素頭發不會對人體產生任何危害，只是使人惡心或厭惡，它就不屬于ＨＡＣＣＰ體系中的關鍵控制點所控制因素，而屬于ＩＳＯ９００１體系產品質量特性中不允許有肉眼可見雜質控制對象。
管理體系往往自成一體，為兩個管理體系各準備一套文件、一套人員，往往相互牽扯，有時甚至相互排斥，為組織的管理工作帶來一些負面影響。因此，將這兩個管理體系加以整合，形成有共同目標，共同管理方法的一體化管理體系，將有利于企業有效地策劃和配置資源，減少管理成本，提高管理的有效性和效率。ＩＳＯ９００１－２０００質量管理體系是針對全面質量因素的體系，范疇廣，內容包含ＨＡＣＣＰ體系中所要求的危害因素。因此，對于建立這兩種體系的食品企業，通過優化整合，建立一套適合這兩大體系的管理體系，是可行的。既可使企業滿足我國和進口國的法規要求，又可增加國內外客戶和消費者對企業產品的信任程度；既可有效地預防和控制食品安全危害，又可使食品質量得到全面、大幅度的提高；既可達到擴展市場的目的，又可大大降低企業的管理成本。