復合型微生物肥料生產技術的關鍵之處就在于復合工藝，復合工藝的類型包括功能菌株間的復合、菌株與有機物料復合、以及菌株與有機物料及各類營養物質的復合等工藝。此外復合型微生物肥料產品也要求具有不少于一定含量的功能微生物和有機質，當然，某些產品為了實現某些特定功效，也會添加如氮磷鉀養分、中微量元素、腐植酸、氨基酸等的營養成分。綜上所述，復合型微生物肥料的生產工藝就是以保持功能菌種的活性為核心，以多種物料的“復合”為關鍵的技術。

　　設計原則

　　我們講，標準永遠都是指導生產的要素。所以在對復合型微生物肥料的設計、研發和生產階段，都可以遵循GB?MT 32161-2015《生態設計產品評價通則》。之所以推薦該標準，也是遵循國家綠色產品生產的號召，強調生產、應用過程盡可能的降低資源消耗、盡可能的降低或是避免有毒有害物質使用，降低對污染的排放，對周圍環境的友好。此外，復合型微生物肥料的設計也需要遵從有效降低化肥、農藥使用，提升農產品品質的生態原則。

　　復合技術

　　復合技術是提升產品性能的關鍵，所以應該鼓勵企業采用或創新研發新型的復合技術。當然，我們也要依據產品組成和資源配置條件選用適宜的復合加工技術。復合加工技術主要包括了物料復配技術、微化技術、復合共培養技術、包膜技術和包埋技術等，此外，我們還要控制、增強產品中的功能菌含量、生態適應性和產品效果及穩定性。

　　生產工藝

　　生產工藝就是要求企業在物料復合的工藝過程中保持功能菌及營養物的活性，確定功能菌與有機物料先行復合、再與其他營養物質復合的順序。對特殊的功能菌、劑型及產品的復合，應兼顧特殊菌種產生的絮凝物質、各物料組分的溶解等特性，避免其所含的營養元素間產生沉淀。此外，選用的有機物料及營養物質不應對功能菌存活產生障礙，并在其混配、復合、造粒、烘干等生產過程中，有措施保證功能菌不失活。

　　菌種共性

　　功能菌種是微生物肥料的核心，想要實現菌種之間的安全、性能的穩定性，就需要在選用、組合菌種時，遵循“無害安全”，“功能增進”、“協調共存”三原則。在明確其菌種分類地位的基礎上，我們推薦生物安全性上須滿足《微生物肥料生物安全通用技術準則》（NY/T 1109）相關要求，菌種應參照《微生物肥料生產菌株質量評價用技術要求》（NY/T 1847）進行評價其性能，以及對菌種的協同、共存上需要進行平板對峙試驗和盆栽（或小區試驗）以確認復合在一起的菌種具有生態上的良好共存和功能上的協同增上功能。