棉花苗期病害主要有根病和葉病兩大類。
　　1.根病類
　　苗期根病發生在子葉期至２片真葉期，由于根莖過于幼嫩抗病能力弱，易遭受病菌侵染而腐爛，通常稱作爛根。*常見的根病有3種：
　　 ⑴立枯病 嫩莖基部靠近地面處出現淡黃色病斑，病斑在基部圍繞嫩莖發展，顏色逐漸發深，形成黑褐色病斑而腐爛，致使幼苗直立枯死而不倒。
　　⑵炭疽病 病苗在根莖交界處出現紅褐色條斑，組織硬化、凹陷、開裂，嚴重時病部變褐，濕度大時病斑上有紅色黏稠膠狀物，幼苗干枯不長，或死苗。
　　⑶紅腐病 又叫爛根病，芽苗出土前就開始發病，棉籽雖已發芽，但幼芽變為黃褐色，腐爛死亡。子葉期發病，根尖從黃變褐，而后根全部變為黃褐色，嫩莖和根變肥、腫大，有分段的黃褐色病斑，逐漸變黑褐色、干腐而死。
　　2.葉病類
　　苗期葉病發生在幼苗的子葉上或真葉上。主要有以下4種：
　　 ⑴黑斑病。由幾種病原菌混合為害引起，主要發生在子葉上。病苗子葉上出現很多黑色病斑，病斑周圍有紫紅色暈圈，病斑近圓形或不不規則形，引起子葉枯焦。葉柄上出現黃褐色病斑，圍繞葉柄發展，形成環狀斑，致使葉片脫落。
　　⑵莖枯病。從棉苗后期到成株期均能發生，為害葉片和嫩梢。葉片上病斑呈淡褐色，近圓形，邊緣紫紅色，斑內可見一些小黑點（病斑的孢子器）。嫩梢上及葉柄上為褐色梭形，可引起嫩稍枯死，葉柄及葉片脫落。
　　⑶角斑病。是細菌性病害，發生在子葉、真葉及嫩莖上，病斑*初呈水漬狀，后變黑褐色，在真葉上，因受葉脈限制而呈多角形，有時病斑沿葉脈發展呈長條彎曲狀。子葉上病斑沿葉柄發展可侵染到子葉節。嫩莖上的病斑呈黑綠色，發展成黑褐色條。
　　⑷苗期枯萎病。從子葉期即可發生，定苗前后達到高峰。病苗葉片上出現褪色斑，斑內的微細葉脈變黃，呈黃色網狀紋，也有子葉變紫紅色，出現紫色網狀紋。病苗根莖外表無癥狀，但莖內的木質部呈褐色條紋，*后病苗萎蔫枯死。
　　棉花苗期病害是多種病原菌的復合侵染性病害，有時從癥狀上很難區別，只有分離其病菌才能確診。棉花苗期病害要以防為主，培育壯苗早發、消滅種子和土壤中的病原，控制病害發生。其技術措施為：**精選種子，播前在陽光下曬晾種子，提高酶的活性。第二要消滅種子帶菌，采用“三開一涼“溫水（55℃-60℃)浸種半小時。用殺菌劑拌種，消滅種子表面病菌。常用的殺菌劑有70%五氯硝基苯，50%多菌靈，70%代森錳鋅，70%托布津以及20%甲基立枯磷等。一般按有效成分計算，用干種子量的0.5%左右與溫水浸過的棉籽（晾至絨毛微白后）拌勻后播。或直接用處理種子的復配劑（種衣劑、保苗劑、拌種劑），均有較好的防效。第三適期播種，當5厘米地溫穩定在15℃時,足墑播種。播后遇雨，天晴后及時中耕破除板結，增溫保墑。盡量減少種子在土壤中的萌芽時間，促使根部早日木質化，減少感病機會。出苗后，葉部病害發生時，可噴灑50%多菌靈800倍液，或70%甲基托布津1000倍液。