食品微生物(food microorganisms) 是與食品有關的微生物的總稱。包括生產型食品微生物(醋酸桿菌，酵母菌等)和使食物變質(霉菌，細菌等)和食源性病原微生物(大腸桿菌，肉毒桿菌等)。食品微生物與人類關系緊密，對食品微生物的了解、利用、和防治在很早以前就有很大的進展了。人類對食品微生物的利用,起源很早。遠在公元前16～前11世紀，中國就會利用微生物釀酒。古書曾記載有：“儀狄作酒，禹飲而甘之”。《商書》中也記載有：“若作酒醴，爾維曲;若作禾羹，爾維鹽媒”。“曲”是用谷物培養霉菌等微生物制成，“”是發芽的谷物，如作啤酒的麥芽，“媒”是含有乳酸菌之類的菜鹵。當時人們還不知道這是微生物的存在和作用。直到16世紀,荷蘭人A.van列文虎克首次制成了放大200～300倍的顯微鏡后，才看到微生物。1857年，微生物學家L.巴斯德證實酒精的發酵過程由酵母引起，并經長期研究，奠定了微生物學的基礎，解決了當時法國由于酒的變質給釀造業帶來的重大損失問題，開創了巴斯德滅菌法(現稱巴氏滅菌法)。這種滅菌方法至今仍應用于酒、醋、醬油、牛奶、果汁等食品的滅菌。20世紀以來，由于電子顯微鏡的發明，生物化學和化學分析技術等學科的發展，促進了微生物學從細胞水平、亞細胞水平進入分子水平。尤其是70年代遺傳工程科學的發展，有力地推動了食品微生物學的發展。通過誘變、細胞融合等技術，選育出高產的發酵食品微生物優良菌株，可提高產量，改變食品工業的面貌。

分類

食品微生物無特殊的分類系統。按照微生物分類系統，可將與食品密切相關的微生物分為細菌、 酵母菌、 霉菌和病毒。由于微生物種類繁多，很多微生物的親緣關系(根據生物的外部性狀、內部結構、生活特性等加以確定)尚未清楚，所以尚不能完全按照親緣關系進行分類。細菌有3種不同分類系統,即克拉西里尼科夫氏、伯杰氏和普雷沃氏分類系統。他們的通用分類單位命名法則和高等動植物一樣，依次分為界、門、綱、目、科、屬、種。種是分類的*基本單位。從某地區或某實驗室分離到的菌種，稱為菌株或品系。酵母菌為真菌的一部分，采用荷蘭人洛德1952年發表的酵母分類系統分類。霉菌也為真菌的一部分，不同的真菌分類學者采用不同的霉菌分類系統，但在“綱”這一級分類意見都一致 .

食品類微生物檢測：

食品類微生物檢測具體是指細菌學檢驗，包括細菌病毒總數、大腸桿菌和病原體的檢驗。經典的方法有固體細胞培養液法(用于細菌病毒總數的檢驗)，液體細胞培養液發酵法(用于大腸桿菌的檢驗)

各種食品類，植物性、動物性原輔材料、生產加工產品、半生產加工產品，如糧食、油脂、調味料、肉食品、飲料、罐頭、餅干、糖果類、酒水飲料、蔬菜、炒貨、食用添加劑、農產品、兒童食品、豆制品、點心等。

菌落總數：

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測菌落總數測定 GB 4789.2-2016.

大腸桿菌計數：

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測大腸桿菌計數 GB 4789.3-2016.

沙門氏菌：

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測沙門氏菌檢測 GB 4789.4-2016 (不測血細胞分型)。

志賀氏菌：

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測 志賀氏菌檢測 GB 4789.5-2012.

副溶血性弧菌：

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測副溶血性弧菌檢測 GB 4789.7-2013 (不測血細胞分型)。

金黃色葡萄球菌 :

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測金黃色葡萄球菌檢測 GB 4789.10-2016.

溶血性鏈球菌：

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測 β型溶血性鏈球菌檢測GB4789.11-2014.

蠟狀芽孢桿菌 :

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測 蠟樣芽孢桿菌檢測 GB 4789.14-2014.

霉菌和酵母計數 :

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測 霉菌和酵母計數 GB 4789.15-2016.

單核細胞增生李斯特氏菌 :

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測單核細胞增生李斯特氏菌檢測 GB 4789.30-2016.

乳酸菌 :

食品衛生安全標準規定: 食品類微生物學檢測乳酸菌檢測 GB 4789.35-2016.

大腸埃希氏菌計數 :

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測 大腸埃希氏菌計數 GB 4789.38-2012.

大腸埃希氏菌O157:H7/NM :

食品衛生安全標準規定:食品類微生物學檢測大腸埃希氏菌O157:H7/NM檢測 GB 4789.36-2016.

調料檢測 :

食品衛生安全微生物學檢測 調料檢測 GB/T 4789.22-2003.

糖果、點心、果脯加工檢測 :

食品衛生安全微生物學檢測 糖果、點心、蜜餞檢測 GB/T 4789.24-2003.

酒類檢測 :

食品衛生安全微生物學檢測 酒類檢測 GB/T 4789.25-2003.