中藥包括中藥材、中藥飲片和中成藥，我國藥典規定，加強對重金屬及有害元素、毒性成分、殘留溶劑、真菌毒素及生物安全等檢測。

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　　(一)化學成分分析

　　1.指標性成分定量分析：

　　如，多糖、皂苷、兒茶素、三萜類等。。。

　　2.馬兜鈴酸

　　3.黃曲霉毒素(Aflatoxin B1、B2、G1、G2)、赭曲霉毒素及霉菌毒素等

　　4.防腐劑(苯甲酸、己二烯酸、去水醋酸)等

　　5.硫磺(二氧化硫，SO2)及其他漂白劑等

　　6.礦物質及重金屬

　　?人體必須礦物質：鈉(Na)、鉀(K)、鈣(Ca)、鎂(Mg)、鐵(Fe)、鋅(Zn)、磷(P)…等

　　?有害重金屬分析：砷(As)、鉛(Pb)、鎘(Cd)、汞(Hg)、銅(Cu)…等

　　7.農藥殘留

　　?定性分析：有機磷、胺基甲酸鹽

　　?定量分析：有機磷、胺基甲酸鹽、有機氯

　　8.類固醇、激素

　　9.抗生素殘留

　　10.含水量、水溶性浸出物含量、醇溶性浸出物含量、酸不溶性灰份、總灰分、精油含量等。

　　(二)微生物檢測

　　各種口服藥劑、一般外用藥劑以及中草藥屬于非規定無菌之藥品，故污染微生物之機會較多;這些藥品都必須進行微生物之檢驗及監控。

　　檢驗項目包括

　　1.規定無菌的藥品

　　?無菌試驗

　　?抑細菌性及抑真菌性確效試驗

　　2.非規定無菌之藥品及中藥材(微生物限量試驗)

　　菌落總數

　　霉菌

　　酵母菌

　　大腸菌群

　　真菌

　　梭狀芽孢桿菌

　　腸桿菌/革蘭氏陰性菌