微生物檢測(cè)涵蓋了有益跟有害的眾多種類，廣泛涉及食品、醫(yī)藥、工農(nóng)業(yè)、環(huán)保、飼料、等人們能觸及的各個(gè)角落中。某些微生物對(duì)產(chǎn)品的污染，不僅影響到產(chǎn)品本身的質(zhì)量，更嚴(yán)重的是它危及消費(fèi)者的健康和安全。包括各類食品，藥品，肥料，土壤等的成分分析。
使用選擇培養(yǎng)基培養(yǎng)微生物或人為提供有利于目的菌株生長(zhǎng)的條件。選擇培養(yǎng)基，顧名思義其作用是允許特定種類的微生物生長(zhǎng)，同時(shí)抑制或阻止其他微生物生長(zhǎng)。例如，使用以尿素作為**氮源的培養(yǎng)基能夠培養(yǎng)出可合成脲酶的微生物；在培養(yǎng)基中PH調(diào)至酸性有利于霉菌的生長(zhǎng)繁殖（抑制細(xì)菌的生命活動(dòng)）等。選擇培養(yǎng)一般是通過觀察微生物的同化作用類型或某一特征進(jìn)行間接判斷，得到的微生物往往并不只有一種，但是能夠大致確定這些微生物存在的共有特征從而對(duì)其分類。

微生物檢測(cè)項(xiàng)目
水質(zhì)
菌落總數(shù)、大腸菌群、糞鏈球菌、銅綠假單胞菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌、溴酸鹽、溴化物、霉菌和酵母、致病菌、軍團(tuán)菌等
食品、飲料、保健品
菌落總數(shù)、霉菌和酵母計(jì)數(shù)、大腸桿菌、沙門氏菌、志賀氏菌、大腸埃希氏菌、副溶血性弧菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌、蠟樣芽胞桿菌等
一次性衛(wèi)生用品、一次性醫(yī)療用品
細(xì)菌總數(shù)、大腸菌群、綠膿桿菌、金黃色葡萄球菌、溶血性球鏈菌、真菌菌落總數(shù)、真菌定性檢測(cè)、殺菌性能、溶出性抗（抑）菌產(chǎn)品、抑菌性能等
藥品、藥品原料、輔料
微生物限度（大腸埃希菌、沙門氏菌、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌、大腸菌群及梭菌）檢查及方法驗(yàn)證、無菌檢查及方法驗(yàn)證、細(xì)菌內(nèi)毒素檢查、培養(yǎng)基驗(yàn)證等
日化產(chǎn)品
菌落總數(shù)、糞大腸菌群、大腸菌群、大腸桿菌、綠膿桿菌、金黃色葡萄球菌、霉菌和酵母菌、沙門氏菌、芽孢菌總數(shù)、志賀氏菌、糞鏈球菌、蠟樣芽孢菌
水產(chǎn)品、畜禽類產(chǎn)品、蛋類、動(dòng)植物油脂等農(nóng)產(chǎn)品
菌落總數(shù)、大腸菌群、霉菌、酵母菌、沙門氏菌、志賀氏菌、副溶血性弧菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌、致瀉大腸埃希氏菌、空腸彎曲菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌、肉毒梭菌、蠟樣芽胞桿菌等
飼料、飼料原糧、添加劑、飼用酶制劑和寵物食品
有效活菌數(shù)：地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、兩歧雙歧桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、乳酸腸球菌、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、乳酸乳桿菌等
工業(yè)制品及材料
抗菌性能、滅螨去螨測(cè)試、抗真菌測(cè)試、防霉性能測(cè)定、防蛀性能、抗藻性能等
肥料、土壤
菌落總數(shù)、各種有效活菌數(shù)、雜菌率、霉菌、糞大腸菌群、大腸菌群、芽孢桿菌數(shù)、蠟樣芽胞桿菌、乳酸菌、雙歧桿菌、光合細(xì)菌、固氮菌等
微生態(tài)制劑、益生菌
有效活菌數(shù)：地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、兩歧雙歧桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、乳酸腸球菌、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、乳酸乳桿菌、植物乳桿菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、產(chǎn)朊假絲酵母等
菌種鑒定
常見細(xì)菌鑒定、常見霉菌鑒定、常見酵母菌鑒定、光合菌鑒定、放線菌鑒定
實(shí)時(shí)PCR快速檢測(cè)
沙門氏菌、單核增生李斯特菌、大腸桿菌O157:H7/NM
抗菌性測(cè)試
塑料制品，陶瓷，其他抗菌材質(zhì)
藥典常規(guī)測(cè)試
USP 62，ChP