微生物檢測涵蓋了有益跟有害的眾多種類，廣泛涉及食品、醫藥、工農業、環保、飼料、等人們能觸及的各個角落中。某些微生物對產品的污染，不僅影響到產品本身的質量，更嚴重的是它危及消費者的健康和安全。包括各類食品，藥品，肥料，土壤等的成分分析。
使用選擇培養基培養微生物或人為提供有利于目的菌株生長的條件。選擇培養基，顧名思義其作用是允許特定種類的微生物生長，同時抑制或阻止其他微生物生長。例如，使用以尿素作為**氮源的培養基能夠培養出可合成脲酶的微生物；在培養基中PH調至酸性有利于霉菌的生長繁殖（抑制細菌的生命活動）等。選擇培養一般是通過觀察微生物的同化作用類型或某一特征進行間接判斷，得到的微生物往往并不只有一種，但是能夠大致確定這些微生物存在的共有特征從而對其分類。

微生物檢測項目
水質
菌落總數、大腸菌群、糞鏈球菌、銅綠假單胞菌、產氣莢膜梭菌、溴酸鹽、溴化物、霉菌和酵母、致病菌、軍團菌等
食品、飲料、保健品
菌落總數、霉菌和酵母計數、大腸桿菌、沙門氏菌、志賀氏菌、大腸埃希氏菌、副溶血性弧菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、產氣莢膜梭菌、蠟樣芽胞桿菌等
一次性衛生用品、一次性醫療用品
細菌總數、大腸菌群、綠膿桿菌、金黃色葡萄球菌、溶血性球鏈菌、真菌菌落總數、真菌定性檢測、殺菌性能、溶出性抗（抑）菌產品、抑菌性能等
藥品、藥品原料、輔料
微生物限度（大腸埃希菌、沙門氏菌、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌、大腸菌群及梭菌）檢查及方法驗證、無菌檢查及方法驗證、細菌內毒素檢查、培養基驗證等
日化產品
菌落總數、糞大腸菌群、大腸菌群、大腸桿菌、綠膿桿菌、金黃色葡萄球菌、霉菌和酵母菌、沙門氏菌、芽孢菌總數、志賀氏菌、糞鏈球菌、蠟樣芽孢菌
水產品、畜禽類產品、蛋類、動植物油脂等農產品
菌落總數、大腸菌群、霉菌、酵母菌、沙門氏菌、志賀氏菌、副溶血性弧菌、小腸結腸炎耶爾森氏菌、致瀉大腸埃希氏菌、空腸彎曲菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、產氣莢膜梭菌、肉毒梭菌、蠟樣芽胞桿菌等
飼料、飼料原糧、添加劑、飼用酶制劑和寵物食品
有效活菌數：地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、兩歧雙歧桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、乳酸腸球菌、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、乳酸乳桿菌等
工業制品及材料
抗菌性能、滅螨去螨測試、抗真菌測試、防霉性能測定、防蛀性能、抗藻性能等
肥料、土壤
菌落總數、各種有效活菌數、雜菌率、霉菌、糞大腸菌群、大腸菌群、芽孢桿菌數、蠟樣芽胞桿菌、乳酸菌、雙歧桿菌、光合細菌、固氮菌等
微生態制劑、益生菌
有效活菌數：地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、兩歧雙歧桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、乳酸腸球菌、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、乳酸乳桿菌、植物乳桿菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、產朊假絲酵母等
菌種鑒定
常見細菌鑒定、常見霉菌鑒定、常見酵母菌鑒定、光合菌鑒定、放線菌鑒定
實時PCR快速檢測
沙門氏菌、單核增生李斯特菌、大腸桿菌O157:H7/NM
抗菌性測試
塑料制品，陶瓷，其他抗菌材質
藥典常規測試
USP 62，ChP