生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
調理土壤、激活土壤中微生物活躍率、克服土壤板結、增加土壤空氣通透性。減少水分流失與蒸發、減輕干旱的壓力、保肥、減少化肥、減輕鹽堿損害，在減少化肥用量或逐步替代化肥的情況下，生物有機肥未知物分析生物有機肥內含的成分可以提高土壤肥力，使糧食作物、經濟作物、蔬菜類、瓜果類大幅度增產。提高農產品品質、果品色澤鮮艷、瓜類農產品含糖量、維生素含量都有提高，提高售價。改善作物農藝性狀、使作物莖桿粗壯，葉色濃綠，開花提前，果實商品性好，提早上市時間。增強作物抗病性和抗逆性、 減輕作物因連作造成的病害和土傳性病害，降低發病率；對花葉病、黑脛病、炭疽病等的防治都有較好的效果，同時增強作物對不良環境的綜合防御能力。生物有機肥未知物分析試驗證明，生態有機肥可使蔬菜硝酸鹽含量平均降低48.3--87.7%，氮、磷、鉀含量提高5--20%，維生素C增加，總酸含量降低，還原糖增加，糖酸比提高。 生態有機肥營養元素齊全，能夠改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板結。改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力。
生物有機肥中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關系，抑制有害菌生長并轉化為有益菌，相互作用，相互促進，起到群體的協同作用，有益菌在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物，促使有機物的分解轉化，能直接或間接為作物提供多種營養和刺激性物質，促進和調控作物生長。提高土壤孔隙度、通透交換性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及種群。