然而，隨著有機錫的大量使用，有機錫對環境的污染也在日益加劇，食品也存在被有機錫化合物污染的風險。20世紀70年代末，有機錫污染使法國的牡蠣養殖業幾乎陷入癱瘓；90年代有研究者在泰國的貽貝中檢出了有機錫，我國也曾發生過因食用有機錫污染的豬油而中毒的事件。

有機錫化合物對生物的毒性效應主要有免疫毒性、神經毒性、生殖毒性和遺傳毒性等。研究表明，環境中含量*低的有機錫就能對生物產生毒性影響。因此歐盟已采取限制措施來保護消費者免于接觸某些消費品中的三種有機錫化合物。

禁止有機錫使用的地方：
1、所有用于海洋，沿海，河口和內陸水道和湖泊的船舶；
2、用于魚類或貝類養殖的網箱，浮筒，網和任何其他器具或設備；
3、任何完全或部分浸入式設備或設備。

有機錫含量檢測的標準：
MSZ 8653/12-1984 鎳化學檢測．錫含量檢測；
MSZ 8652/3-1970 錫化學檢測．鐵含量檢測；
MSZ 8652/4-1970 錫化學檢測．銅含量檢測；
MSZ 8652/7-1970 錫化學檢測．銻含量檢測；
MSZ 8652/8-1970 錫化學檢測．硫磺含量檢測；
MSZ 8652/2-1970 錫化學檢測．砷含量檢測；
MSZ 8651/7.lap-1968 鉛化學檢測．錫和銻含量檢測；
MSZ 3612/7.lap-1961 罐裝食品錫含量檢測；
MNOSZ 8674-1952 銅和銅合金化學檢測．錫含量檢測。

有機錫對食品的污染已經引起了社會的普遍關注，關于食品中有機錫檢測方法的研究也越來越多，目前常用的分析方法有氣相色譜法和液相色譜法。