對于非法處置危險廢物的認定，爭議較大。非法處置危險廢物以未取得經營許可證為前提，但是否以違法造成環境污染為要件，則存在不同認識。經研究認為，污染環境罪保護的是環境法益，如果未取得經營許可證處置危險廢物，在處置過程中沒有違法造成環境污染的，不應以污染環境罪論處。
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此外，對于無資質處置危險廢物，沒有違法造成環境污染，不構成污染環境罪的情形，是否可以非法經營罪論處，實踐中亦存在不同認識。有些地方持肯定態度，但這會導致定罪量刑嚴重失衡：無資質處置危險廢物，違法造成環境污染的，以污染環境罪*高只能處七年有期徒刑；未違法造成環境污染的，以非法經營罪*高可以處十五年有期徒刑。
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鑒此，為準確、統一適用法律，《解釋》（注：本篇《解釋》均指《*高人民法院、*高人民檢察院關于辦理環境污染刑事案件適用法律若干問題的解釋》（2016），以下簡稱《解釋》。）第6條專門規定：“無危險廢物經營許可證從事收集、貯存、利用、處置危險廢物經營活動，嚴重污染環境的，按照污染環境罪定罪處罰；同時構成非法經營罪的，依照處罰較重的規定定罪處罰。”“實施前款規定的行為，不具有超標排放污染物、非法傾倒污染物或者其他違法造成環境污染的情形的，可以認定為非法經營情節顯著輕微危害不大，不認為是犯罪；構成生產、銷售偽劣產品等其他犯罪的，以其他犯罪論處。”
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申言之，《解釋》堅持環境法益的實質考量：一方面，確立無危險廢物經營許可證從事收集、貯存、利用、處置危險廢物經營活動的入罪以違法造成環境污染為實質要件，未違法造成環境污染的，可以認定為情節顯著輕微危害不大，不認為是犯罪（當然，構成生產、銷售偽劣產品等其他犯罪的，可以其他犯罪論處）；另一方面，針對當前危險廢物污染環境犯罪的嚴峻形勢，加大對此類行為的刑事懲處力度，允許適用非法經營罪，對同時符合污染環境罪和非法經營罪的情形擇一重罪處斷。
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需要注意的是，對于“違法造成環境污染”要件的判斷應當采取相對寬泛的標準，即不要求一定達到《解釋》第1條其他項規定的嚴重污染環境的具體情形。例如，未按照規定安裝特定污染防治設施，處置過程中超過標準排放污染物（雖然未達到超過特定標準三倍以上），或者將處置剩余的污染物違反規定傾倒的，可以認定為具備“違法造成環境污染”的要件，以污染環境罪論處；相反，如果在處置危險廢物的過程中采取了特定的污染防治措施，未違法造成環境污染的，通常情況下應當認定為情節顯著輕微危害不大，不認為是犯罪。
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司法實踐中，對于非法處置危險廢物的認定，特別是處置危險廢物與利用危險廢物之間的關系，存在較大認識分歧。經研究認為，利用本身也是一種處置行為，但核心在于判斷是否違法造成環境污染。為統一認識，《解釋》第16條專門規定：“無危險廢物經營許可證，以營利為目的，從危險廢物中提取物質作為原材料或者燃料，并具有超標排放污染物、非法傾倒污染物或者其他違法造成環境污染的情形的行為，應當認定為‘非法處置危險廢物’。”
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