1、菌落總數檢測
菌落總數是指示性微生物指標，并非致病菌指標。主要用來評價食品清潔度，反映食品在生產過程中是否符合衛生要求。菌落總數超標說明個別企業可能未按要求嚴格控制生產加工過程的衛生條件，或者包裝容器清洗消毒不到位；還有可能與產品包裝密封不嚴，儲運條件控制不當等有關。
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2、大腸菌群檢測
大腸菌群是國內外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中檢出大腸菌群，提示被致病菌(如沙門氏菌、志賀氏菌、致病性大腸桿菌)污染的可能性較大。檢出大腸菌群超標的產品均未檢出致病菌，結合居民膳食結構、抽檢情況等因素綜合分析，健康風險較低，但反映該食品衛生狀況不達標。大腸菌群超標可能由于產品的加工原料、包裝材料受污染，或在生產過程中產品受人員、工器具等生產設備、環境的污染、有滅菌工藝的產品滅菌不徹底而導致。
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3、霉菌檢測
霉菌超標主要原因可能是原料或包裝材料受到霉菌污染，產品在生產加工過程中衛生條件控制不到位，生產工器具等設備設施清洗消毒不到位或產品儲運條件不當而導致。
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4、霉菌和酵母檢測
霉菌和酵母超標原因可能是加工用原料受霉菌污染，也可能是流通環節抽取的樣品霉菌和酵母超標，后者為儲運條件控制不當導致。霉菌和酵母在自然界很常見，霉菌可使食品腐敗變質，破壞食品的色、香、味，降低食品的食用價值。

5、銅綠假單胞菌檢測
銅綠假單胞菌是一種條件致病菌，廣泛分布于各種水、空氣、正常人的皮膚、呼吸道和腸道等，易在潮濕的環境存活，對消毒劑、紫外線等具有較強的抵抗力，對于抵抗力較弱的人群存在健康風險。天然礦泉水中銅綠假單胞菌超標可能是源水防護不當，水體受到污染;生產過程中衛生控制不嚴格，如從業人員未經消毒的手直接與礦泉水或容器內壁接觸;或者是包裝材料清洗消毒有缺陷所致。
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