阿克蘇柯坪、沙雅等地部分農民反映，一是缺流動資金（2019/20年度新疆棉花目標價格直補款尚未發放到位），只能通過向農業銀行、信用社貸款解決；二是缺部分農資。由于3月8日以后南疆通行才基本恢復，農資采購、運輸隨之大規模啟動，但因采購高度集中、疆內產量跟不上，不僅售價呈現小幅上漲，而且滴灌帶、節水閥、地膜、二胺等比較緊俏（磷酸二銨主要從內地生產廠家調運）。

從對南疆部分棉區的調查來看，2020年新疆植棉面積、手摘棉植面積均呈現小幅“雙降”，棉農認為2019/20年度籽棉收購價低于預期、糧棉比價效應減弱及目標價格直補發放滯后對植棉積*性產生影響。在地方政府大力推動、機采棉降本增效及機采棉和手采棉價差大幅收窄的前提下，2020年喀什、阿克蘇等地機采棉種植面積繼續擴大。

某內地棉種企業反饋，今年受新冠疫情防控、自治區種子站等各農業部門提倡主產棉棉花品種統一的影響，棉種銷售不樂觀。一些大公司、科研能力強的“新陸早、新陸中”系列品種逐漸被農民接受并認可（一些產量高、品質差的棉花品種被淘汰），隨著各地大力推進種子統一，將有一部分棉種公司被淘汰。