一、將第三條修改為：“實施進口關稅配額管理的農產品品種為：小麥(包括其粉、粒，以下簡稱小麥)、玉米(包括其粉、粒，以下簡稱玉米)、大米(包括其粉、粒，以下簡稱大米)、食糖、棉花、羊毛以及毛條。

　　實施關稅配額管理農產品相應的稅目及適用稅率另行公布。”

　　二、將第四條修改為：“小麥、玉米、大米、食糖、棉花進口關稅配額分為國營貿易配額和非國營貿易配額。國營貿易配額須通過國營貿易企業進口;非國營貿易配額通過有貿易權的企業進口，有貿易權的*終用戶也可以自行進口。”

　　三、將第七條**款修改為：“食糖、羊毛、毛條進口關稅配額由商務部分配。”

　　四、將第八條修改為：“商務部、發展改革委分別委托省級商務主管部門和省級發展改革主管部門(以下簡稱委托機構)負責下列事項：

　　(一)受理申請者的申請并將申請轉送商務部、發展改革委;

　　(二)受理咨詢并將其轉達商務部、發展改革委;

　　(三)通知申請者其申請中不符合要求之處，并提醒其修正;

　　(四)向經過批準的申請者發放《中華人民共和國農產品進口關稅配額證》(以下簡稱《農產品進口關稅配額證》)。

　　委托機構名單另行公布。”

　　五、將第九條第二款修改為：“由境外進入保稅監管場所、海關特殊監管區域的產品，免予領取《農產品進口關稅配額證》。”

　　六、將第十條修改為：“農產品進口關稅配額的申請期為每年10月15日至30日(憑合同先來先領分配方式除外)。

　　商務部、發展改革委于申請期前1個月，分別在商務部網站(網址為http://www.mofcom.gov.cn，下同)、發展改革委網站(網址為http://www.szlhsb.com，下同)上公布每種農產品下一年度進口關稅配額總量、申請條件及國務院關稅稅則委員會確定的當年度關稅配額農產品稅目和適用稅率。

　　食糖、羊毛、毛條由商務部公布。小麥、玉米、大米、棉花由發展改革委公布。”

　　七、將第十一條修改為：“商務部委托機構負責受理本地區內食糖、羊毛、毛條進口關稅配額的申請。

　　發展改革委委托機構負責受理本地區內小麥、玉米、大米、棉花進口關稅配額的申請。”

　　八、將第十二條修改為：“商務部委托機構根據公布的條件，受理申請者提交的食糖、羊毛、毛條申請及有關資料，并于11月15日前將申請轉報商務部(憑合同先來先領分配方式除外)，同時抄報發展改革委。

　　發展改革委委托機構根據公布的條件，受理申請者提交的小麥、玉米、大米、棉花申請及有關資料，并于11月15日前將申請轉報發展改革委，同時抄報商務部。”

　　九、將第十四條**款修改為：“每年1月1日前，商務部、發展改革委通過各自委托機構向*終用戶發放《農產品進口關稅配額證》，并加蓋‘商務部農產品進口關稅配額證專用章’或‘國家發展和改革委員會農產品進口關稅配額證專用章’。”

　　十、將第十八條修改為：“加工貿易進口實行關稅配額管理的農產品，海關憑企業提交的在‘貿易方式’欄目中注明‘加工貿易’的《農產品進口關稅配額證》辦理通關驗放手續。

　　加工貿易企業未能按規定期限加工復出口的，應在到期后30天內辦理加工貿易核銷手續。海關按加工貿易的有關規定執行。”

　　十一、將第二十條修改為：“自境外進入保稅監管場所、海關特殊監管區域的關稅配額農產品由海關按現行規定驗放并實施監管。

　　從保稅監管場所、海關特殊監管區域出庫或出區進口的關稅配額農產品，海關憑《農產品進口關稅配額證》按進口貨物管理的有關規定辦理進口手續。”

　　十二、將第二十二條修改為：“分配給*終用戶的國營貿易農產品進口關稅配額量，在當年8月15日前未簽訂合同的，*終用戶可以委托有貿易權的任何企業進口;有貿易權的*終用戶可以自行進口。”

　　十三、將第二十四條修改為：“農產品進口關稅配額再分配量的申請期為每年9月1日至15日(憑合同先來先領分配方式除外)。申請者的申請需由委托機構分別轉報并同時抄報商務部或發展改革委。

　　商務部、發展改革委于申請期前1個月，分別在商務部網站、發展改革委網站上公布農產品進口關稅配額再分配量的申請條件。

　　食糖、羊毛、毛條由商務部公布。小麥、玉米、大米、棉花由發展改革委公布。”

　　十四、將第二十六條**款修改為：“每年9月30日前，商務部將食糖、羊毛、毛條進口關稅配額再分配量分配到*終用戶(憑合同先來先領分配方式除外);發展改革委會同商務部將小麥、玉米、大米、棉花關稅配額再分配量分配到*終用戶。”

　　十五、將第二十八條修改為：“對偽造、變造或者買賣《農產品進口關稅配額證》的，依照有關法律對非法經營罪或者偽造、變造、買賣國家機關公文、證件、印章罪的規定，依法追究刑事責任。持有關稅配額的*終用戶有上述行為的，商務部、發展改革委及委托機構兩年內不再受理其進口農產品關稅配額的申請。”

　　十六、將第三十一條修改為：“*終用戶連續兩年未能完成分配其全部農產品進口關稅配額量進口，并在該兩年內每年9月15日前將當年不能使用的關稅配額量交還受委托的原發證機構的，其下年度分配的關稅配額量將按其*近一年未完成的比例相應扣減。”

　　十七、將第三十四條修改為：“有關農產品進口關稅配額分配和再分配的咨詢需以書面形式向商務部、發展改革委或委托機構提出，商務部、發展改革委或委托機構將在10個工作日內作出答復。”