中棉所、國家棉花產業技術體系和公益性行業科研棉花專項組于2009年對16個產棉省市區、152 0173 3840個定點縣團場、5472戶定點農戶進行全程跟蹤監測，獲得大量當前棉花生產情況，現發布品種和種子簡要報告，供決策參考。
一、品種（系）數量大幅減少
1、全國品種（系）數474個。監測結果顯示，2009年全國棉花播種品種（含沒有審定的品系、組合、材料、代號和不知名等，后同）474個，同比減（與2008年比較，后同）105個，減幅18.0％。
常規棉136個，減22個，減幅14.0％；占品種數的28.7％，增1.4個百分點，占播種面積的58.5％，增22.4個百分點。
雜交種187個，減31個，減幅14.2％；占品種數的39.4％，增1.7個百分點；占播種面積的16.0％，減17.3個百分點。
Bt棉114個（指通過安全性評價、允許環境釋放、以Bt棉名義審定即合法，表1），增12個，增幅11.8％，占播種面積的38.1％，減6.4個百分點。其中美育Bt棉3個，占Bt棉播種面積的2.4％，減1.9％。可見國產Bt棉繼續仍占**主導地位。
優質專用棉10個（表1），占品種數的2.1％；減17個，減65.4％；占播種面積的2.7％，基本持平。
其它（含代號、不知名品系、高代材料、自選自留和親本等）125個，減66個，減34.5％（表1）；占品種數的26.3％，減6.7個百分點；占播種面積的18.9％，增13.2個百分點。
2、區域。長江品種（系）240個品種，減18個，減7.0％。黃河品種（系）191個，減57個，減23.0％。西北品種（系）99個，減89個，減47.3％。
3、優勢品種（組合、系）36個，占全國播種面積的74.4％，增11.2個百分點。2009年占全國播種面積0.5％以上（面積37.7萬畝以上）的品種（組合、系）36個，依次是：中棉所41占14.7%，新陸中35占7.4%，新陸中36占6.0%，魯棉研21占3.6%，中棉所43占3.5%，SGK958占2.6%，新陸早26占2.9%，新陸早33占2.5%，710占2.4%，豫雜37占2.2%，新棉33B占2.1%，魯棉研28占1.9%，818占1.7%，華棉3號占1.5%，中棉所28和新陸早36各占1.4%，國欣3占1.2%，中棉所49占1.2%，新海31和合信2各占1.1%，6116、晉棉38、新陸早39和中棉所57各占1%，冀棉298、吉田4號和293各占0.8%，鄂雜棉10號占0.7%，新陸中21、新海25和4038各占0.6%，魯研棉23、花品種、新陸早8和冀棉106各占0.5%。
二、種子技術水平有所下降，市場化進程因補貼出現新變化
1、種子技術水平。監測顯示，2009年棉花生產使用毛子占總用種量的6.5％，增0.8個百分點；光子占21.3％，減0.3個百分點；包衣子占72.2％，減0.5個百分點；光子和包衣子占93.5％，減0.8個百分點。
2、種子市場化程度。監測顯示，全國農民自留種子占15.6％，增4.6個百分點，反映生產資金投入的減少。統一供種占47.5％，下降2.2個百分點；農民市場購買占36.9％，降2.4個百分點，反映市場化程度有所縮小。
內地和西北產區種子市場化和組織化水平化差異分化明顯。良種棉補貼全覆蓋之后，各地補貼方式不同，內地統一供種的比例下降，購買比例增加。西北統一供種比例大幅上升至68.0％，而市場購買比例大幅下降23.7％，補貼為種子而非資金。
三、雜交棉制種面積大幅減少
2009年全國雜交棉制種面積約8萬畝，同比2008年13萬畝減38.4%，主要原因植棉面積減少，雜交種售價下跌與積壓增多所致。預計雜交種畝產95千克，總產7600噸減36.6％。然而，受9月持續陰雨影響，華北大部制種田的種子品質下降，要引起重視。
四、分析和討論
1、品種（系）數量減少與植棉面積的減少緊密相關，而品種數量多的基本面沒有改變。據監測數據，2009年品種數減104個，減幅18.0％。據分析，這是金融危機沖擊造成的后果，由于2009年植棉面積減少兩位數，其種植品種數也減少兩位數。可見，當年植棉品種多少與播種面積的多少緊密相關，而我國棉花品種數量多的基本面沒有改變。
2、揭示投入減少。監測結果，2009年，常規棉品種播種面積大幅增加22.4個百分點，雜交種播種面積大幅度減少17.3個百分點，農民自留種比例提高4.6個百分點，雜交制種面積大幅度減38.4％，反映植棉收益與投入的關系成正比，深刻揭示金融危機對棉花生產造成的沖擊較為嚴重。
3、優勢品種地位在逆勢中提升。據監測結果，在植棉面積減少兩位數條件下，優勢品種在逆勢中地位提升。如中棉所41占播種面積的比例高達14.7％，面積突破1000萬畝，結束連續4年沒有優勢品種的局面。同時，一些優勢科研機構的系列品種仍保持明顯優勢。中棉所系列、魯棉研系列、湘雜棉系列和邯棉等4個系列品種占全國播種面積34.4％，與去年基本持平。其中中棉所（中國農科院棉花所）系列棉花品種2008年數量為31個，占全國播種面積的14.1％；2009年數量30個，占全國播種面積的比例增加到23.9％。
4、品種審定數量有所減少，一些大省注重源頭控制，值得贊賞。雖然2009年全國棉花品種審定數量繼續保持高位態勢，但審定數量有所減少。到11月上旬，全國審定品種數113個，減11個。含雜交種61個、Bt棉63個、常規品種38個和優質專用棉7個。從審定數量來看，國家審定有所減少，在產棉大省之中，新疆增加了一倍，河南增加21.4％，湖南繼續保持很高的審定數量。值得注意的是，河北審定數量減少一半，山東近兩年僅審6和8個，湖北、江蘇僅審1個與2個。可喜的是，這些大省形成了審定從嚴的共識，注重源頭控制，值得提倡。從單位來看，中棉所系列品種審定8個，魯棉研系列審定品種5個，湘雜棉系列組合審定4個。