預計棉花主要病蟲害總體中等發生，發生面積2460萬畝次，蟲害發生面積2045萬畝次，病害發生面積415萬畝次。棉葉螨、棉蚜在局部棉區偏重發生，棉鈴蟲在各類寄主作物田越冬基數仍然較大，煙粉虱、棉盲蝽及黃萎病在部分棉區呈擴散加重趨勢。
（一）蟲害：總體中等發生，局部偏重，發生面積2045萬畝次。棉葉螨中等發生，發生面積530萬畝次，其中喀什、巴州、博州、哈密局部偏重。棉鈴蟲一代輕發生，發生面積30萬畝；二代偏輕發生，其中阿克蘇、喀什、和田中等發生，發生面積235萬畝；三代偏輕發生，其中南疆大部（和田、克州、喀什、阿克蘇）、塔城、昌吉中等發生，發生面積105萬畝。棉蚜中等發生，局部偏重發生，發生面積585萬畝次。預計苗蚜偏輕發生，和田、喀什、克州、巴州、吐魯番地區中等發生，發生面積152 0173 3840萬畝次；伏蚜中等發生，其中哈密、博州偏重發生，發生面積420萬畝次。煙粉虱繼續呈擴散態勢，喀什、和田、哈密棉區局部中等發生，吐魯番偏重，發生面積70萬畝次。棉盲蝽偏輕發生，其中喀什、阿克蘇局部中等發生，發生面積150萬畝次。棉薊馬中等發生，發生面積280萬畝次。其他害蟲偏輕發生，發生面積60萬畝次。
（二）病害：總體偏輕發生，以苗期病害和黃萎病為主，發生面積415萬畝次。其中，苗期病害偏輕發生，和田、昌吉、塔城中等發生，如遇春季持續低溫多雨，北疆棉區局部有偏重發生的可能，發生面積185萬畝次。黃萎病中等發生，發生面積125萬畝。枯萎病輕發生，發生面積75萬畝。鈴期病害、紅葉莖枯病等輕發生，發生面積30萬畝。