2008棉花年度，面對因國際金融危機影響棉花市場的復雜形勢，農發行按照“區別對待，擇優扶持”的原則，根據市場變化適時調整信貸政策，發揮了在棉花收購市場資金供應的主渠道作用，保證了棉花收購工作平穩進行。2008棉花年度，農發行共發放棉花收購貸款511.29億元，支持企業收購皮棉8691萬擔，支持收購量占當年全國棉花總產量的58%。其中，農發行新疆分行共發放收購貸款304.53億元，同比增加20.76億元；支持企業收購皮棉4865萬擔，同比增加515萬擔；支持收購量占當年新疆地區棉花總產量的81%。
收購開始之前，農發行及早部署收購準備工作，下發了《關于做好2008棉花年度收購信貸工作的意見》和《關于做好2008年度棉花收購貸款資格認定工作的通知》，要求各級行與國家棉花質檢體制改革相結合，合理布局收購網點，嚴把貸款準入關，有計劃、有步驟地完成2008棉花年度棉花企業貸款資格認定工作。同時，逐步完善貸款企業準入和退出機制，優化客戶信貸結構。2008年度，農發行共認定收購貸款資格企業935家，其中民營企業占比84%，國有企業占比6%，供銷社企業占比10%。
收購期間，農發行綜合分析市場走勢和各方利益后，制定下發了《關于認真執行2008棉花年度收購貸款上線和貸款風險控制線的通知》，變“雙限”為“雙線”，確定2008棉花年度每擔標準級皮棉收購貸款上線基準為500元/擔，允許*高向上浮動50元/擔，下浮不限，*高貸款額不得突破560元/擔。同時，根據中國棉花價格指數扣除合理的費用和利潤后，設定貸款風險控制線，于每周一在系統內網發布，有效控制了市場風險，穩定了市場價格。
為更好地發揮大型重點棉花流通企業在棉花產業鏈中的主渠道作用，在充分調查研究、廣泛征求意見的基礎上，農發行下發了《關于加強對大型重點棉花流通企業信貸支持的指導意見》，明確了大型重點棉花流通企業的標準以及該行的信貸政策，要求各級行按照“一企一策”的原則確定擬支持的大型重點棉花流通企業資格，扶持和組織優勢企業開展新棉收購，更好地解決棉農“賣難”的問題，促進棉花產業鏈的整合。