敦煌市棉花多年重茬種植，加之播種后低溫高濕等因素的影響，造成棉花苗期病害逐年加重，尤其是炭疽病、立枯病、猝倒病、紅腐病等苗期病害均有發生，且在同一塊棉田混發嚴重，造成棉花死苗，形成缺苗斷壟，給棉花生產帶來了困難。控制棉花苗期病害，要認真做到預防為主，綜合防治。　　
　　1.合理輪作棉苗病的病原菌在土壤中病殘體上越冬,土壤中積累了大量的病原菌。因此,要進行輪作,可以大量減少和消滅土壤內的病原菌,對控制立枯病和炭疽病有良好的作用。　　
　　2.精細整地提倡每年秋收后深翻,通過曬垡凍垡，可以凍死部分病菌，以減少土壤表層的病菌危害.播種前要施足底肥,地要整平整細,以利出苗。　　
　　3.精選良種選用充分成熟、健康飽滿、發芽勢強的種子,確保發芽,使棉苗健壯。　　
　　4.播前曬種播前曬種可以打破棉種休眠，提高其生活力，并可利用陽光中的紫外線，殺死種子表面上所帶的病菌。于播種前20天左右，選擇晴天將棉種曝曬3～5天，曬種不宜在石板或水泥場上進行，以免燙傷棉種，影響發芽。也不宜太厚，一般10～13厘米即可，每天翻動3～5次，以保證曬勻曬透。　　
　　5.藥劑拌種是防治苗期病害的一項簡單易行的有效措施。①拌種：選用50%多菌靈500克兌水2～3公斤或55%敵克松500克兌水，拌棉種100公斤。②棉種包衣：播種前用錦華種衣劑1公斤兌水0.5公斤可包衣種子50～60公斤或選用衛福懸浮種衣劑200毫升均勻攪拌包衣種子50公斤。　　
　　6.適期播種早播，氣溫和土壤溫度偏低，出苗慢有利于病菌侵入，遲播不利于棉苗正常生長。一般情況下，當平均氣溫穩定在10℃，膜下5厘米地溫達12℃時，即可鋪膜播種，播種深度以2～3厘米為宜。　　
　　7.加強苗期管理出苗后和雨后及時中耕松土，破除板結提高地溫，以利于根系發育，減少發病；間苗定苗時堅持去弱、去殘、去病的原則，并將病苗帶出田外消毀處理，防止病菌的擴展蔓延。　　
　　8.藥劑防治棉花苗齊后,遇低溫多雨或寒流侵襲,苗期病害很可能流行發生,要及時噴藥保護.可選擇50%多菌靈800～1000倍液或50%退菌特800～1000倍液噴霧,每隔7～10天噴一次,連噴2～3次。