熒光檢測器在黃曲霉毒素檢測中的應用較早，技術較為成熟。黃曲霉毒素共有的香豆素結構使熒光檢測法成為首要檢測方法，黃曲霉毒素在波長360nm的激發光下能發射出波長420nm的熒光。由于B1和G1分子的二呋喃結構中碳碳雙鍵的吸電子誘導效應，致使分子熒光強度減弱，影響了方法的靈敏度和檢出限。

通過對雙鍵衍生變成飽和碳碳單鍵可增強B1和G1的熒光強度，通常采用的衍生法有柱前三氟乙酸衍生、柱后碘衍生、柱后溴衍生和柱后光化學衍生，這四種衍生方法目前均被AOAC官方方法采用。

柱前三氟乙酸衍生時需要在前處理部分增加衍生步驟，增加了前處理的時間以及結果的不確定度，同時B1、G1的衍生產物B2a、G2a存在穩定性的問題。碘衍生法是飽和碘溶液和B1、G1在60～75 ℃下發生衍生反應，由于衍生池增加了柱后死體積，易造成色譜峰變寬，且每次都要配制新鮮的溶液。溴比碘的氧化性更強，反應效率更高，但由于溴本身不穩定，不宜直接作為衍生試劑使用，衍生時采用以下兩種方式，一種是在柱后衍生泵中加入三溴化吡啶鎓（PBPB），室溫下與B1、G1發生反應；另一種是在流動相中加入溴化鉀和硝酸，利用Kobra cell儀電化學在線產生的溴進行柱后衍生。

光化學衍生（PHRED）是將反應線圈繞在紫外燈外，當流動相進過反應線圈時，B1、G1被衍生成熒光較強的B2a、G2a，類似于B1、G1和三氟乙酸的反應。Walking[37]將光化學衍生和Kobra cell電化學衍生法、碘衍生法進行了比較，在花生中光化學衍生具有和后兩者相當的效果，但在玉米中偏差較大。除化學衍生外，環糊精也可以增強黃曲霉毒素B1、G1和M1的熒光強度，不過環糊精和黃曲霉毒素間的作用機制尚無定論。

熒光檢測法需要在提取階段進行比較才徹底的凈化，任何殘留的熒光性雜質都可能造成對陽性的誤判，報出假陽性的結果。熒光檢測法必須確保目標物的完全分離，當其他真菌毒素和黃曲霉毒素同時檢測時，就對分離提出了更高的要求。