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不容忽視的基因診斷準確率

作者:宋檢 時間:2022-11-18 來源:互聯(lián)網(wǎng)

基因檢測技術(shù)曾多次被評為全球顛覆性技術(shù),但是其混亂的商業(yè)應(yīng)用也一直為業(yè)內(nèi)所詬病。隨著個體化醫(yī)療的發(fā)展和“精準醫(yī)學(xué)”概念的提出,基因檢測被越來越多地應(yīng)用于臨床腫瘤診斷與治療中。同時,隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,基因檢測市場愈加火爆。在被稱為“無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測后的下一塊大蛋糕”的腫瘤診斷與治療市場,出現(xiàn)了各種各樣的基因檢測機構(gòu),但測序質(zhì)量良莠不齊、數(shù)據(jù)解讀差異甚大,常常出現(xiàn)錯誤的診斷結(jié)果,影響*終治療決策,造成嚴重醫(yī)療后果。有的是測序不準確,有的是認定的變異基因與特定的疾病沒有關(guān)系,有的是基因與特定疾病有關(guān)系但卻沒有辨別出來,這些都會造成誤診誤治。因此,對于基因測序的臨床應(yīng)用,需要進行統(tǒng)一規(guī)范和嚴格管理,否則對患者會帶來很大的傷害。

中國基因檢測行業(yè)坐擁全球*大的基因測序臨床應(yīng)用市場,其統(tǒng)一規(guī)范和管理備受關(guān)注。

技術(shù)難題:基因檢測準確率低

1.市場過度迷戀二代測序(NGS)。目前我國提供腫瘤高通量測序服務(wù)的公司僅在*近衛(wèi)計委室間質(zhì)評中正式報備的就有88家。這還不算那些沒有報備的、以科研目的打擦邊球的及以二代測序檢測其他疾病的公司。這些公司絕大多數(shù)是在過去1-2年間成立的。

對比美國這個醫(yī)療*為發(fā)達的國家,全國通過CAP 資質(zhì)認證的提供NGS的實驗室目前共有85 家左右。那么相對于我們國家的人口,未來毫無疑問我們當然還需要更多的實驗室;而如果考慮到中美現(xiàn)階段醫(yī)學(xué)發(fā)展的程度差異,我們國家現(xiàn)在的數(shù)量則**超標。

2.從事二代測序的公司數(shù)量很大,但質(zhì)量讓人擔(dān)憂。衛(wèi)生部臨床檢驗中心于2015年10月開展二代測序項目的全國室間質(zhì)量評價活動,要求各臨床實驗室使用日常所用試劑和程序進行檢測。據(jù)悉,本次共計72家機構(gòu)回報有效質(zhì)評結(jié)果,其中合格的僅有37家,合格率為51.2%,檢測基因數(shù)大于40個 (全部42個基因)的合格實驗室為14個,合格率僅為19%。

對比美國,由于他們實行行業(yè)協(xié)會和政府雙重監(jiān)管,上述85個實驗室均具CAP/CLIA認證資格,CAP采用年度審查和類似的室間質(zhì)評,不合格的會關(guān)閉整改,因此基本可認為他們的合格率在****。

新的嘗試:增大準確率

腫瘤細胞具有高度異質(zhì)性以及大量的低頻突變,對其中低頻突變的檢測具有重要的生物學(xué)意義和臨床應(yīng)用價值,但對檢測技術(shù)的靈敏度和特異性要求也較高。比如臨檢中心在室間質(zhì)評樣本中設(shè)計了低頻突變,用于評價各個參評單位的檢測體系,其中包括KRAS。

2014年中國權(quán)威機構(gòu)發(fā)表的關(guān)于實驗室KRAS測試的報告指出,報告測試結(jié)果的63個實驗室(包括41家醫(yī)院實驗室和22家第三方實驗室及試劑制造商)中僅有55.6% (35/63) 準確地測出了所有測試樣本中的變異。三分之一的被測試機構(gòu)出現(xiàn)了假陽性結(jié)果. 報告指出即使運用*先進的測序工具如果操作不嚴密也會出現(xiàn)誤判。假陽性結(jié)果會帶來嚴重的問題。解決之道是使用充足的陰性對照,一來可以識別操作過程中的交叉感染,二可以用來準確辨別不同的結(jié)果。

準確率的保障:標準品

基因診斷錯誤率居高不下,主要原因就是沒有統(tǒng)一的標準。這種統(tǒng)一行業(yè)規(guī)范的缺乏,導(dǎo)致了不同人員、實驗室,乃至不同平臺檢測的結(jié)果無法比較。清晰、穩(wěn)定、統(tǒng)一的標準是規(guī)范行業(yè)的**步。標準品的使用應(yīng)貫穿在基因檢測的整個過程中。通過與標準品比較,可以得到結(jié)果包括:DNA 提取是否成功,提取了多少DNA,是否有所尋找的變異,病人樣本中有多少變異,每個突變位點的頻率是多少等信息。

標準品的用處:監(jiān)測檢測方法和平臺

標準品的使用在國外有著成熟的環(huán)境和經(jīng)驗。以下Horizon Discovery公司對標準品的使用和分析可以一定程度上幫我們一窺究竟。

Horizon公司的核心技術(shù)為基因編輯。公司在該領(lǐng)域積累了超過十年的豐富經(jīng)驗。公司已使用超過100種細胞系進行基因編輯,編輯過的基因大于4000個,涵蓋20種以上不同組織。

Horizon的基因診斷標準品的制作過程:**對野生型細胞株進行單克隆稀釋,得到基因背景相對一致的Horizon野生細胞株。在此基礎(chǔ)上采用基因編輯平臺做出相對應(yīng)的單克隆突變細胞株。得到的這一對的細胞株(野生型+等位基因人工變異的細胞株)基因背景完全一致,**的差別僅僅在于基因編輯所引入的這個突變。通過改變野生型和突變型細胞株的比例,可以混合出任何不同等位基因頻率的標準品,提供**的濃度梯度。該標準品的發(fā)明被譽為基因檢測領(lǐng)域的金標準,還獲得2013年歐洲科學(xué)家雜志的全球十大發(fā)明獎。

紐約州指導(dǎo)文件針對NGS的管理法案中“標準品的使用”部分有一系列的要求,包括精確的數(shù)量、精確的等位基因頻率以及對腫瘤樣本的精確反映。人工合成核苷酸(Synthetic oligos)、混合的野生細胞系 (Cell line mixtures)、病人樣本 (Primary tissue samples)、嵌入人工合成核苷酸的野生細胞系(Synthetic oligos spiked into cell DNA)等都不能達到以上的標準。Horizon的基因標準品解決了這一基因檢測領(lǐng)域的難題,使我們能夠真正了解測試的準確性和穩(wěn)定性。精確定義、定量,并且高度穩(wěn)定的標準品是目前業(yè)界*為需要的參考標準。

目前,實驗室使用基因測試方法不同且沒有統(tǒng)一參考標準。歐洲基因測試質(zhì)量考核中心2011年的測試數(shù)據(jù)曾表明各個實驗室的實驗方法不一,結(jié)果不統(tǒng)一、假陽性和假陰性問題頻繁。而我國情況更為嚴重。如上文所說,中國KRAS 檢測錯誤率達到45%,與歐洲國家的4-5%以上有很大差別。標準品的引進和使用在某種程度上對基因檢測準確率的提高有著不可忽視的作用。希望國外的先進技術(shù)和經(jīng)驗?zāi)軌蛟缛兆哌M中國,使基因檢測行業(yè)早日走上正軌,迎來更快更好的發(fā)展!

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