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研究揭示RNApoly(A)尾巴內部廣泛存在其他堿基修飾

作者:宋檢 時間:2022-12-09 來源:互聯網

RNApoly(A)尾巴是成熟的mRNA和lncRNA的重要組成部分,對RNA穩定性和翻譯起著重要的調控作用。然而目前的poly(A)尾巴檢測技術仍然非常有限。11月22日,中國科學院遺傳與發育生物學研究所陸發隆研究組在《自然-通訊》(NatureCommunications)發表題為Poly(A)inclusiveRNAisoformsequencing(PAIso-seq)revealswide-spreadnon-adenosineresidueswithinRNApoly(A)tails的文章,建立了一種稱為PAIso-seq的高靈敏度高準確度的RNApoly(A)尾巴檢測技術。

通過PAIso-seq發現轉錄組中存在數kb長的poly(A)尾巴。全長RNA信息讓研究人員可以去探索RNA可變剪切與poly(A)尾巴這兩種重要RNA轉錄后調控之間的關聯。PAIso-seq具有*高的靈敏度,能夠在單個卵細胞中實現轉錄組水平的poly(A)尾巴的檢測,為稀有微量樣本的全轉錄組poly(A)尾巴分析提供了技術基礎。包含poly(A)尾巴信息的全長轉錄本數據為研究者理解不同RNA轉錄后調控的協同作用與機制提供了重要的工具。

更有意思的是通過PAIso-seq發現poly(A)尾巴并不僅是人們之前認為的一段純A序列,也不僅僅在3’末端存在其他堿基修飾(U,G,C)。該研究揭示了在小鼠GV期卵中有超過17%的mRNApoly(A)尾巴的主體區域存在廣泛的U、G和C堿基的摻入。該發現將改寫教科書中關于RNApoly(A)尾巴組成的描述。近期在擬南芥、線蟲和人細胞系中也發現了poly(A)尾巴的主體中含有非A堿基,其中在線蟲和人細胞系研究中開發的FLAM-seq方法與PAIso-seq方法都是基于PacBio三代測序平臺。相較FLAM-seq而言,PAIso-seq在靈敏度上有非常大的優勢。這些新發現的poly(A)尾巴內部的非A堿基如何生成,對RNA起著什么樣的調控作用是接下來要回答的重要問題,該發現以及PAIso-seq方法為RNA轉錄后調控研究打開了一扇全新的大門。

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