主要應用
近幾年低聚果糖的產品不僅風靡國內外保健品市場，而且被廣泛應用于保健食品、飲料、乳制品、糖果等食品行業，飼料工業以及醫藥、美容等行業中，應用前景十分廣闊。在日本果寡糖有500多種產品，每人每天都攝入相當數量的果寡糖，果寡糖在日本已被視為一種食品，而不僅僅是一種食品組成。一些發達國家已將果寡糖作為一種功能性添加劑用于動物生產，果寡糖被喻為是繼抗生素時代后*有潛力的一代添加劑—促生物質；在法國果寡糖被稱為原生素。低聚果糖一般應用于乳制品（如乳粉、乳酸菌乳、冰淇淋等）、各類保健品、嬰幼兒及中老年食品、飲料（如咖啡、涼茶等）、酒類、糕點以及飼料中，作為保健添加劑在食品和飲料中的添加量為10-150g/kg。低聚果糖的性能比較穩定，不會分解產生有毒成分，因此人們在做菜、做點心時，只要普通食糖能用到的地方，都可以放心大膽地使用果寡糖。 
低聚果糖在飼料中的應用
上世紀80年代初，國內外研究者設法尋找一類可促進腸道有益菌生長繁殖且不為有害菌和畜禽自身吸收和利用的物質，研究發現，短鏈糖類物質亦稱功能性低聚糖，具有此功能。20世紀80年代中后期，日本**把它開發成飼料添加劑用于飼料工業。我國動物營養學界20世紀90年代后期才接觸到這類添加劑。低聚果糖主要功效是對動物機體中雙歧桿菌有增殖作用，從而增加了雙歧桿菌的生長速率，使腸道中的有害菌受不同程度的抑制。
低聚果糖對存在于其他暖血動物中的雙歧桿菌也有*好的增殖作用。2000年6月浙江大學農學院采用云南天元低聚果糖制成新型雙歧因子物資飼料；“無腹瀉飼料”，成功完成了畜牧業實驗重大科研課題。試驗說明：低聚果糖可有效治療家畜斷乳后出現腹瀉、下痢癥狀，對其引發的染病死亡、生長緩慢、發育延遲等不良問題起到積*預防作用。2000年2月28日云南某食品公司與中國成都大熊貓繁育研究基地聯合開展“低聚果糖投喂大熊貓試驗”。該基地已于2000年2月初對一只病弱的大熊貓“莉莉”連續20天喂低聚果糖，結果該大熊貓周期性出現的“排粘”、腹瀉、厭食、稀便等癥狀得到有效遏制，體能與精神轉好，食欲與體重都明顯增加。成都大熊貓繁育研究基地主任李光漢教授表示，對利用低聚果糖進各種瀕危野生珍稀動物由野外微生態平衡轉為人工繁衍微生態失衡的調節，將大有可為。 
低聚果糖在食品及保健品中的應用
嬰幼兒乳粉
歐美、日本等國已將低聚果糖應用于乳酸菌飲料、固體飲料、糖果糕餅、餅干、面包、果凍、冷飲、湯料、谷物等多種食品中。低聚果糖的添加，不僅提高了食品的營養和保健價值，同時還能有效延長如冰淇淋、酸奶、果醬等多種食品的保質期。此外，低聚果糖熱量低，不會引起肥胖也不會使血糖上升，是理想的新型保健甜味劑，可作為食品基料在食品中應用，滿足糖尿病人、肥胖病患者和低血糖病人的需要。近年來，低聚果糖在嬰幼兒食品中特別是乳制品中得到廣泛應用，如嬰幼兒乳粉、純牛奶、調味乳、發酵乳、乳酸菌飲料、各種奶粉等。嬰幼兒奶粉中添加適量的低聚果糖、菊粉、乳果糖等益生元可促進雙歧桿菌或乳酸桿菌等在結腸中的生長。低聚果糖作為生物活性益生元和水溶性膳食纖維應用于飲用水中，既能滿足人體基本的生理功能和新陳代謝的需要，又能促進人體健康，其功效相輔相成，相得益彰。 
（1）作為雙歧桿菌促生素。不僅可以使產品附加上低聚果糖的功能，而且可以克服原產品的某些缺陷，使產品更**。如在非發酵乳制品（原乳、奶粉等）中添加低聚果糖，可以解決中老年人和兒童在補充營養時易上火和便秘等問題；在發酵乳制品中增加低聚果糖，可以為產品中的活菌提供營養源，增強活菌作用，延長保質期；在谷物產品等添加低聚果糖，可以得高產品品質并延長產品貨架期。
（2）作為活化因子即鈣、鎂、鐵等礦物質和微量元素的活化因子，可以達到促進礦物質和微量元素吸收的效果，如在補鈣、鐵、鋅等食品、保健品中添加低聚果糖，可以提高品的功效。 
（3）作為獨特的低糖、低熱值、難消化的甜味劑，添加于食品中，不僅可以改善產品的口味，降低食品的熱值，而且可以延長產品的貨架期。如在減肥食品中添加低聚果糖可以*大降低產品熱值；在低糖食品中低聚果糖，較難引起血糖升髙；在酒類產品中添加低聚果糖，可以防止酒中內溶物沉淀，改善澄明度，提高酒的風味，使酒的口感更醇厚更清爽；在果味飲料和茶飲料中添加低聚果糖，可以使產品口昧更細膩柔和、更凊爽。 
新西蘭食品安全部發布新西蘭食品標準第55號修正案，批準低聚果糖用于嬰兒配方食品、嬰兒食品、兒童輔食，并于2013年10月17日實施。 [6] 國家衛生計生委已經批準發布的低聚果糖公告包括原衛生部2009年第11號公告、2012年第6號公告以及國家衛生計生委2013年第8號公告。其對應的生產工藝包括：①原衛生部2009年第1I號公告中生產工藝規定為以菊苣為原料，經部分酶水解后提純、噴霧干燥制得；②原衛生部2012年第6號公告中生產工藝規定為以蔗糖為原料，用來源于米曲霉的B一果糖基轉移酶水解后，經色譜分離提純、干燥制得；③國家衛生計生委2013年第8號公告中生產工藝規定為以白砂糖為原料，用來源于黑曲霉的酶酶解后，經脫色、過濾、干燥等工藝制得。以上3種生產工藝生產的低聚果糖都可以用于嬰幼兒配方食品和嬰幼兒谷類輔助食品。
低聚果糖在特殊醫學用途食品中的應
雖然低聚果糖由于分子量小，人們認為低聚果糖不能起到膳食纖維的全部作用，但這一特性使其能很好地與液態特殊醫用食品相容，而后者多是患者通過管道來進食。很多膳食纖維并不能與液態醫療食品相容，不溶性纖維容易沉淀從而堵塞進食管道，而可溶性膳食纖維會增加產品的黏度，這使得通過固定管道來給藥變得更為困難。低聚果糖能起到很多類膳食纖維的生理效應，如調節腸道功能、維持大腸完整性、抗移植性、改變氮排泄的途徑以及增加礦物質的吸收等?？傊?，低聚果糖與液態醫療食物良好的相容性及很多生理功效使低聚果糖在特殊醫用食品中得到廣泛應用。 
其他應用
在焙燒食品中增加低聚果糖，可以增進產品的色澤，改進脆性，有利于膨化。